根據記錄，盤腳院創建於寬永8年（1631年）。江戶時代，因沒有住持的關係，國州天越入寺修行，並改名為寶樹山盤腳院。「德川家康」在田中城這個城堡居住時，曾多次來此地獵鷹，來訪時都會順道到盤腳院，因為這樣就可以跟天越和尚下「圍棋」；還有一說是這個庵的名字是取自棋盤的腳，所以才叫「盤腳院」。盤腳院旁邊的藤枝靈園中，安置著高17m的青銅製「藤枝大觀音」像，是由盤腳院住持所樹立的尊像，主要是為了感謝神佛讓他從難治之症奇跡似地重獲健康。